Từ cuối thế kỷ XVIII khá nhiều người Hoa ở các phủ Quảng Châu, Quỳnh Châu, Phúc Châu, Tuyền Châu, Chương Châu, Triều Châu, Huệ Châu thuộc các tỉnh Quảng Đông, Phúc Kiến, Chiết Giang di dân đến vùng Gia Định. Triều đình nhà Nguyễn cho phép họ lập ra các bang hội để quản lý di dân và thương nhân. Ngoài các hội quán riêng của bang hội, người Hoa thuộc bảy phủ kể trên còn chung góp tài lực xây dựng “Thất Phủ Quan Vũ miếu” để thờ Quan Đế và “Thất Phủ Thiên Hậu miếu” để thờ Thiên Hậu.
Di dân hai phủ Tuyền Châu và Dương Châu, ngoài việc xây dựng riêng Hội quán Ôn Lăng và Hội quán Hà Chương, đã cùng nhau xây dựng một ngôi miếu thờ Bổn Đầu Công và đặt tên là miếu Nhị Phủ, thường được gọi là chùa Ông Bổn.
Năm 1871, khi chính quyền thuộc địa điều chỉnh các bang trước đây thành năm bang thì miếu Nhị Phủ trở thành Hội quán Nhị Phủ của nhóm Phúc Kiến.
Không rõ Hội quán Nhị Phủ được xây dựng vào năm nào. Trong tác phẩm “Cổ Gia Định phong cảnh vịnh”, bài phú mô tả phong cảnh Gia Định cuối thế kỷ XVIII, đầu thế kỷ XIX, chùa Ông Bổn đã được nhắc đến:
… “Coi chùa Ông Bổn Đầu Cân
Dám quên chữ ngọn rau tấc đất” …
Như vậy Hội quán Nhị Phủ đã hiện diện muộn nhất là vào cuối thế kỷ XVIII, trùng hợp với thời điểm xây dựng một số đền thờ Ông Bổn của người hoa ở khu vực Đông Nam Á.
Theo nhà nghiên cứu Lý Văn Hùng (trong tác phẩm “Gia Định thành Phật tích khảo cổ”) thì Bổn Đầu Công hay Đại Bá Công thờ ở Hội quán Nhị Phủ là Châu Đạt Quan, một viên quan của triều đình nhà Nguyên. Ông từng tham gia sứ bộ Trung Hoa đến nhiều quốc gia Đông Nam Á, biên soạn nhiều tập du ký trong đó có quyển “Chân Lạp phong thổ ký” ghi chép về con người và vùng đất cực nam bán đảo Đông Dương vào thế kỷ XIII. Ông được tôn là vị thần bảo hộ di dân người Hoa ở vùng đất mới, tức là Thổ Thần và thường được thờ với bài vị “Phúc Đức Chính Thần”. Hai phụ tá của ông là Bạch Vương, phụ trách mọi việc vào ban ngày và Hắc Vương, trong coi mọi việc vào ban đêm.
Hội quán Nhị Phủ được xây dựng ở một vị trí đắc địa bên bờ con rạch Chợ Lớn sau được lắp đi và đặt tên là đường Khổng Tử, nay là đường Hải Thượng Lãn Ông. Cách hội quán không xa là con kênh Phố Xếp sau trở thành đường Tổng Đốc Phương và nay là đường Châu Văn Liêm. Gần đó là chợ trung tâm (Marché central) nay là khu vực Bưu điện Chợ Lớn.
Khuôn viên hội quán rộng hơn 2.500 m2, phần sân chiếm hơn 1/3 diện tích với cổng tam quan mới được làm vào năm 1990. Bên phải hội quán là trường học cơ sở Trần Bội Cơ, nguyên là trường trung học Phúc Kiến do Hội quán Nhị Phủ xây dựng. Hội quán Nhị Phủ hiện tọa lạc tại số 264 đường Hải Thượng Lãn Ông, Phường 14, Quận 5, Thành phố Hồ Chí Minh